Der Heye See befindet sich im Landschaftsschutzgebiet „Husumer Geest“. In Landschaftsschutzgebieten ist ein besonderer Schutz von Natur und Landschaft zur Erhaltung und Entwicklung vorgesehen. Deshalb sind u.a. Lärm, Motocross fahren, Feuer, Grillen, Zelten und das Aufstellen von Wohnwagen sowie die illegale Entsorgung von Müll und Schutt verboten. Das Betreten des Seegrundstücks ist darüber hinaus durch den Eigentümer durch eine entsprechende Beschilderung untersagt; damit ist auch die Seebenutzung für Taucher nicht möglich.
Zuwiderhandlungen gegen die bestehenden naturschutzrechtlichen Vorschriften werden konsequent geahndet. Bußgelder können hiernach bis zu einer Höhe von 25.000 € verhängt werden.