Hi Sunshine,
ich würde es aufsplitten. Wir waren damals 2009 bei einer Base in Padang Bai und ich hab mir vorgenommen, sollte ich je wieder nach Bali kommen, dann Splitting. Solltet ihr eine Vorliebe für Makro haben, könntet ihr ein bißchen im Nordwesten rumkrauchen. Falls nein, würde ich (nur meine Meinung) ein paar Tauchtage in Tulamben verbringen und dann in Candi Dasa (viel hübscher als Padang Bai, war damals während Rundreise dort übernacht).
Der Vorteil, wenn ihr splittet ist der, dass ihr ohne lange Anfahrtszeiten am Wrack tauchen könnt und zu besseren/ruhigeren Zeiten frühmorgens und abends, wenn die Tagestaucher noch nicht da und/oder schon wieder weg sind.
Rundreise kann man machen wie man will. Geschmackssache. Entweder eine mehrtägige Rundreise buchen in Kleingruppen oder einen Wagen inkl. Fahrer/Führer anheuern oder auf eigene Faust mit Mietwagen.
Schade ist allerdings eure Reisezeit. Würde ich nochmal Bali ansteuern, würde ich wieder Mondfische sehen wollen und ich denke, da seid ihr im Juni falsch dran. Falls euer Fokus allerdings nicht auf den Molas liegt, dann ist gut 
Viel Spaß auf der wunderschönen Insel!
LG